负压隔离病房内住的是致病菌发生源的，隔离的目的是防止空气致病菌排至室外影响环境和致病菌给进入病房的医护人员。处于自身散发、呼出、咳嗽等产生的含菌气溶胶的包围中，所以像美国等国外标准允许1间病房住2位同类，层流负压隔离病房，改建的可住4位。怎样防止病房内的含菌空气对环境和室内人员的危害呢？
有一种意见是采用全新风。但有研究指出，隔离病房采用全新风不是一个必要条件。
送风采用全新风就要求全排风，过去没有过滤器时要求向室外高空排放，这样做的依据是高空排放完全不会或影响被吸入的新风，所以可采用全新风。但是含有危险性疾病的微生物排至室外是对环境的破坏。后来要求经过滤器后全排风。
缓冲间是负压隔离病房的重中之重
负压隔离病房的房间设置为负压就可以万事大吉。
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虽然负压隔离病房将负压两个字放在前面，但实际上，负压隔离病房的重点应放在隔离，而非负压上。这里的“隔离”不仅仅是隔离患者，更是隔离病房内的空气，而这种隔离就是通过缓冲间的设置实现的。
要说清这个问题，负压隔离病房气流，还必须解释一下房间静压差的问题。许钟麟等人的研究表明，房间内外的静压差达到3Pa以上时，通过门窗等缝隙的向内空气流速即可以基本杜绝房间内污染物外泄。因此一般负压隔离病房相对外界的静压差一般设计为负5-10Pa左右。但需要特别强调的是，这个压差是“静”压差。也就是在门窗关闭的条件下，经过一段时间（十几分钟）的空气平衡才能达到的一个理想状态，任何开启门窗的动作都会打破这个平衡，造成内外压力平衡甚至倒转，进而造成污染物的外泄。因此，邵阳负压隔离病房，有的人认为房间设置为负压就可以万事大吉，这种观点是错误的。
隔离病房内部的气流组织
隔离病房内部进行合理的气流组织可以加快污染物的排出，避免气流形成死角造成污染物的长期积聚，一般应通过送排风口位置的布置，使室内形成定向气流
根据北京市地方标准《负压隔离病房建设配置基本要求》建议，是将主次送风风口设置在病床的床侧和床尾上方，这是考虑到进行床旁处置时医务人员的站位，而排风风口设置在送风口的对侧床头下方，使主要产生于患者口鼻处的气溶胶可直接外排而减少对室内其他区域的影响。这是单人间病房的情况。
针对双人间病房，负压隔离病房，目前也有设计单位通过计算机进行风场模拟，认为将送排风口分别设置于同侧上下两端，对污染物的控制效果。
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